La actividad musical ha estado siempre presente en la historia del Ateneo. En la actualidad, la programación de eventos musicales se incrementa con el acuerdo alcanzado con el el Conservatorio Jesús de Monasterio, al que se unen otros convenios con la Fundación Gerardo Diego y otros. Los conciertos se programan, en general, los sábados, aunque también se organizan en diferentes fechas, en función de la disponibilidad de grupos de cámara o coros.